绝大多数鼻窦囊肿，都是不会发生癌变的。
目前也没有明确的科学依据可以证明，鼻窦囊肿与鼻癌或者鼻咽癌等癌症性疾病有明确关联。鼻窦囊肿本身只属于黏膜下病变，因为鼻窦引流不畅导致分泌物滞留所造成。
引发鼻窦囊肿的病因与造成鼻癌，以及鼻咽癌等恶性疾病的病因不同，所以恶变的几率也不高。且鼻窦囊肿在发病后，即便是发展得比较大或者比较严重，通常通过有效的手术切除治疗，都是可以实现良好的预后的，所以恶变几率也会相应降低。