大多数坐骨直肠脓肿会发展成为肛瘘，可能会发展成为以下两种类型的肛瘘：
第一，内盲瘘，是指没有外口的肛瘘，如果坐骨直肠窝脓肿没有自行破溃或者经手术切开引流，通过用药等保守治疗使局部感染控制，肿痛症状消失，就会形成内盲瘘，局部会残留有硬结，并且硬结和直肠之间有相通的瘘管。
第二，肛瘘，当坐骨直肠窝脓肿自行破溃或者经手术切开引流后，就会发展成为肛瘘，破溃口或者手术切开的引流口，会成为肛瘘的外口，外口和直肠内的内口之间会有完整的瘘管。