出现肛门持续性疼痛后应及时到医院明确诊断，然后再进行针对性的治疗。
最常见的引起肛门持续性疼痛的疾病是肛裂，当肛裂的创面比较大时，导致肛门在括约肌暴露得比较多时，由于外界的刺激会引起肛门括约肌持续性的痉挛收缩，从而使人产生持续性的肛门疼痛需要行手术治疗。肛周脓肿可以引起肛门持续性的胀痛不适、发热等临床症状，需要行手术治疗。
慢性肛窦炎可以引起肛门持续性的隐痛不适，治疗时需要保持大便通畅清淡饮食，配合黏膜保护剂以及消肿的中成药治疗，才能取得较理想的疗效。