食管囊肿可以进行微创手术，一般根据食管囊肿的大小决定治疗方法。
如果食管囊肿比较小，没有其他并发症出现，可以在内镜下进行摘除，这个时候对食管黏膜损伤比较小，恢复比较快。如果食管囊肿比较大，而且有并发症出现时，进行内镜摘除时，存在一定的风险性，或者是处理不干净，就需要及时进行切开手术。
食管囊肿多属于良性病变，可能是由于遗传因素、饮食习惯等原因导致。食管囊肿多是在进行胃镜检查时发现，一般对于囊肿比较小、没有明显症状出现者，可以进行观察。