阴茎充血后特别疼的原因如下：
1.在性生活时用力过猛，导致阴茎局部出现了损伤，当阴茎再次充血勃起后，就会导致损伤部位出现疼痛，应暂时避免接触性刺激，避免阴茎勃起，多注意休息，疼痛可逐渐消失。
2.如果男性患有包皮龟头炎疾病，会导致龟头局部出现肿胀、疼痛、渗出等症状。当阴茎在充血勃起后，疼痛会更加明显，应确定引起龟头炎的具体致病菌，使用外涂和口服的药物进行治疗。
3.如果患有阴茎静脉曲张疾病，在阴茎的静脉反复充血后，也可引起疼痛感。