甲状腺肿大分为单纯性的甲状腺肿大和合并有功能异常的甲状腺肿大，所以原因也不相同。
像单纯性的甲状腺肿大，常见的原因是碘缺乏。碘是合成甲状腺激素的原料，所以当缺碘的时候就会导致甲状腺代偿性的增生和肿大。再者就是摄入了一些引起甲状腺肿的物质，比如卷心菜、白菜、萝卜等这些食物，还有一些含硫的有机物以及一些药物等。
甲状腺肿大合并功能异常的疾病，常见的有弥漫性毒性甲状腺肿，这种疾病是和自身免疫有关系。桥本甲状腺炎也可以引起甲状腺肿大，桥本甲状腺炎的发病和遗传、自身免疫也是有关系的。