肛门长水泡疼痛可能是肛周湿疹、血栓性外痔、生殖器疱疹等原因引起的。
肛周湿疹发病率比较高，由于肛门局部经常潮湿、闷热，不注意卫生会形成肛门局部瘙痒、有较多的丘疹，严重时会形成水泡，经常抓挠造成水泡破溃融合在一片引起肛门疼痛。血栓性外痔也会呈现出暗紫色像水泡一样的肉团，引起肛门疼痛，是由于大便干结、经常便秘、肛周静脉曲张形成的。生殖器疱疹也会造成肛门长水泡，疼痛是由于感染疱疹病毒引发的一种疾病。
建议前往肛肠外科做检查，确诊原因可以对应对症治疗。