想要预防肛门直肠闭锁，就要尽量避免所有可能引起胎儿畸形的行为，如工作、饮食、心理等方面。
肛门直肠闭锁具体的发病机制尚不完全明确，但与平时的生活习惯及饮食等密切相关。想要预防直肠闭锁，就要劳逸结合，避免熬夜，放松心情，适量运动，使自己的身体心理状态处于最佳水平。
怀孕前三个月开始服用叶酸，预防畸形的发生。每日摄入足够以及均衡的营养，避免进食酒精及其他的一些含食品添加剂的食物，防止毒化物质的对胎儿的影响。避免接触放射性的物质，服用药物是要严格遵医嘱，定期产检。