盐酸小檗碱片副作用比较轻微，部分患者容易出现恶心呕吐、皮疹等不良反应，盐酸小檗碱片是止泻类的药物，对细菌感染导致腹泻，能起到抑菌的作用，对大肠杆菌、痢疾杆菌引起的肠道感染，有一定的作用。
口服药物后出现不良的反应是比较少，但部分患者由于体质的因素，如胃部不适，服用药物后容易出现恶心呕吐，部分患者还容易出现药物性皮疹，但多数患者停药后以上症状即可自行消失。
另外，药物服用后，患者还会出现嗜睡、注意力不集中、头晕、疲乏，偶尔也可能出现胃肠道不适症状，所以在服药前要小心的看下副作用说明。