龟头发黑，多考虑可能与以下两方面的原因有关：
一方面可能与年龄因素有关。伴随男性年龄逐渐增长，生殖器以及会阴部位都会出现明显的色素沉着，尤其是龟头、阴囊等部位会逐渐变黑。频繁性生活也是导致龟头发黑的原因之一，由于阴茎频繁充血勃起，并不断与阴道相互摩擦，也会出现龟头变黑。
另一方面可能为细菌感染所引起。常见于包皮龟头炎，由于炎性物质不断刺激，会引起龟头发黑。再加上治疗期间外用含有激素的药膏，也可能会导致色素沉着，进而引起龟头发黑。