肠结核的诊断要结合患者的症状、体征以及病理学的检查。
肠结核的临床表现是诊断肠结核的依据之一，肠结核会导致患者出现腹痛的症状，右下腹疼痛最为常见，部分患者可以是脐周的疼痛。肠结核还会导致大便的改变，腹泻和便秘可以交替出现。对肠结核的患者进行查体时，可以发现右下腹的包块，按压包块时会有轻度的压痛。肠结核患者的辅助检查非常的重要，怀疑肠结核的患者可以做结核菌素试验。最明确的诊断方法就是对病变部位进行组织学的活检，在病变组织内找到结核杆菌就可以明确诊断。
诊断肠结核时要详细询问患者的症状，进行仔细的体格检查，及时地进行病变部位的标本采集，进行病理学检查。