呼吸暂停综合征可以先挂呼吸内科进行诊治。呼吸科医生会完善多导睡眠图用来诊断是否有呼吸暂停综合征，以及判断其程度、类型等。
当然患者还需要进一步寻找其形成的原因 。对于有上气道解剖和功能异常的患者，例如有鼻咽部肿瘤、鼻甲肥大、咽部肥厚以及肿瘤等情况，还需要挂耳鼻喉科协同诊治和进行相应的治疗，部分患者可能还需要通过耳鼻喉科手术来治疗。如果呼吸暂停综合征产生了相应的并发症，例如较严重的高血压、冠心病，可以协同心内科一同诊治。患者多在呼吸科医生的指导下，常使用无创呼吸机辅助其睡眠以改善其病情。
故呼吸暂停综合征所涉及的科室较多，需要综合相关科室一同来诊治。