引起肛窦炎的原因，有以下几个：
第一，组织缺陷，人类正常有6-8个肛窦，呈倒置的漏斗状开口朝上，所以局部容易细菌感染积聚，导致感染。
第二，肠道菌群失调，当患者出现肠道菌群失调，免疫力低下时就有可能导致条件致病菌繁殖刺激肛窦发炎。
第三，大便异常，粪便干燥会机械性损伤肛窦导致发炎。
第四，饮食因素，患者经常吃辛辣、油腻，过量饮酒，导致末梢血管充血引起肛窦炎。
第五，损伤，包括各种治肛瘘、肛裂乳头瘤手术等。损伤范围过大，有可能会导致肛窦炎。还有精神因素，激素水平因素等。