醒来咳嗽厉害，在具体治疗前，需要分析具体病因。这种情况可能是感染后咳嗽或者支气管哮喘引起的，与气道的高反应性有关，咳嗽的性质大多为干咳，可以应用美敏伪麻溶液或者复方甲氧那明胶囊进行治疗，对于早上起来咳嗽厉害的现象，能够起到明显改善作用。
除此之外，这种现象也常见于长期大量吸烟的人群，此时会导致气道的慢性炎症。因此，针对这类情况，最主要的治疗措施是积极戒烟，同时也要戒酒，以免使咽喉部黏膜不断受到烟酒刺激，导致咳嗽症状加重。
另外，咳嗽变异性哮喘也容易在凌晨发作，需要长期雾化，应用特布他林等药物改善症状。