抽动秽语综合症的发病机制尚不明确，多数学者推测本病与基底核、前额叶、边缘系统等部分神经元功能紊乱有关。发病可能存在遗传因素、神经生化代谢及环境因素，在发育过程中相互作用的结果。
很多研究认为遗传因素在该病中起到重要的作用，本病有明显的家族倾向，65%以上的抽动秽语综合症病例都是家族性。抽动秽语症综合症患儿大脑的影像学改变主要在基底核，难产、窒息、早产、抽搐及头部外伤等造成的婴儿器质性脑损害可能是造成该病的诱因。