严重的肛裂需要通过手术治疗才能完全治愈。
临床上严重的肛裂是指已经有肛裂附属物的产生，或者皮下肛瘘的形成，病史超过三个月。此时肛裂裂口已经形成慢性溃疡裂口，周围会因为反复的炎症刺激，而导致纤维化。慢性的炎症刺激也会导致裂口下方皮肤皱褶，出现纤维增生而形成哨兵痔。裂口上方的肛乳头出现纤维增生，而形成肛乳头瘤。
而类似已经有肛裂附属产物形成，临床症状严重的肛裂，通过用药保守治疗并不能使裂口愈合，最终需要通过手术切除肛裂、肛裂附属物以及切断部分肛门内括约肌，治愈肛裂。