新冠核酸检测不合格意思是可能出现假阳性或者假阴性；检测的不合格受诸多因素影响，与标本采集不规范、标本储存错误、运输途中损坏、试剂问题等因素有关。
新冠核酸检测的进行，需要三方的密切配合：标本采样、试剂盒研发、实验室检测，任何一个环节出现问题，都可能引起新冠核酸检测不合格。
新冠核酸检测的采集样本包括有咽拭子、肛拭子、支气管肺泡灌洗液、痰液等。检测容易受外界因素影响，存在误差。