造成新型冠状病毒核酸检测不合格的原因很多：
1.由于标本采集的原因。
2.在标本运送和保存的环节，造成样本失效。
3.是在标本检测时出现不合格。
如果进行标本采集时，没有采集到含有呼吸道分泌物的标本，或者是采集的分泌物过少，就会导致标本不合格，没有办法进行检测。新型冠状病毒是RNA病毒，RNA容易分解，所以如果标本在运送过程中，时间过久或者是保存不当、保存时间过久，会造成新型冠状病毒RNA分解，也可以导致检测不合格。
另外，对于新型冠状病毒核酸检测的试剂也有一定的要求。如果试剂盒没达到质控标准，也可能造成检测失误。