新型冠状病毒核酸检测不合格，有几个原因：
一、是由于核酸标本采集不合格。新型冠状病毒核酸标本取患者的咽拭子，以口咽拭子为主。如果没有采集到患者的咽后壁分泌物，就无法检测出结果，考虑为不合格。这种情况要进行重新采集标本，并且注意规范化采样。
二、新型冠状病毒核酸检测如果标本量较大，不能够进行快速的检测，标本也要尽快地妥善低温保存。因为新型冠状病毒是RNA病毒，很容易降解失效。一旦降解失效就无法解检测出，会出现化验不合格，也要进行重新采样。
三、新型冠状病毒核酸检测的试剂，存在有污染或者是误差，也会检测出不合格。