有些类型的生殖器畸形，可以通过微创来治疗。
生殖器畸形属于一种先天性疾病，主要是基因表达异常而导致的。在临床上发病率较低，有些影响生育能力，有些影响性功能。大部分生殖器畸形，需要通过手术来治疗，只有一小部分通过保守治疗。随着微创技术的发展，一部分手术方式可以选择微创治疗，举一个简单的例子，比如位于腹腔内的隐睾，可以通过腹腔镜将睾丸拉入阴囊，然后予以固定。
微创治疗具有创伤小、术中出血少、恢复快等优点，但是大部分是通过传统的手术方式来治疗的，可以达到与微创治疗相同的效果。