手术治疗男性生殖器畸形是可以的，因为男性生殖器畸形主要是由于以下原因：
第一，就是包皮过长，也就是由于包皮过长易与引起阴茎出现感染和细菌性的炎症，这类疾病只有通过手术才能将过长的包皮完全的清除。
第二，就是由于阴茎的不正或者是弯曲，其实少量的弯曲，并不会引起排尿或者是生育的问题；但是如果弯曲过度就需要进行手术，手术者在麻醉下将阴茎海绵体调整到正常状态，这样就可以达到临床治愈的目的。
第三，就是尿道下裂，尿道下裂影响患者排尿需要早期行手术治疗，改善患者的排尿状态，所以手术是可以治疗男性生殖器畸形。