甲状腺微粒体抗体是免疫过程中产生的甲状腺自身抗体，在自身免疫性疾病患者中可以测出，慢性淋巴性甲状腺病人甲状腺微粒体可以出现高水平增加，而弥漫性甲亢病人测定的抗体含量及频度均较前者为低。
如果在临床上碰见甲状腺微粒体抗体高时，要注意有无临床桥本氏甲亢的存在，甲亢治疗要倍加慎重，不要贸然手术或放射性碘治疗。甲状腺微粒体抗体是诊断甲状腺自身免疫性疾病首选指标，只要升高就有诊断的参考意义，而单一的抗甲状腺过氧化物酶抗体升高，并不能判断什么疾病，需要进一步检查甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体、促甲状腺激素受体抗体等进一步明确性质。
如果甲状腺微粒体抗体、甲状腺球蛋白抗体、甲状腺功能都升高，就考虑是桥本甲状腺炎引起的甲亢。