睾丸大、阴茎小多是由于先天发育，或者青春期频繁手淫导致阴茎损伤引起的。
一般睾丸的大小和阴茎的长短都是在一定范围内，并且两者是具有一定的相关性。睾丸越大阴茎也越长。但是，如果患者先天发育异常就会出现睾丸大、阴茎小的表现，此时就需要对睾丸和阴茎功能进行判断。如果阴茎功能不影响，临床上一般也不需要治疗。
另外，青春发育期是阴茎发育的关键时间段，如果这段时间患者频繁手淫就可能导致阴茎损伤。阴茎损伤后就会出现发育不全、阴茎短小。此时可以给予补肾治疗。