理论上慢性骨髓炎是可以彻底根治的，但是治疗需要一个非常漫长的时间，治疗难度也是比较大。
临床上，很多病人因为需要长时间的反复治疗，而最终放弃。一般慢性骨髓炎是因为急性骨髓炎迁延不愈，逐渐演化而来的，大多数情况下全身感染症状已经消失，局部仍常有感染症状出现，表现为窦道反复渗液流脓。
如果窦道阻塞或者机体免疫力低下时，有可能出现全身反应，治疗周期比较长，治疗难度比较大，往往需要几年的反复治疗，且存在复发的风险。但如果能够得到长期的规范化治疗，且医从性较好，还是有治愈希望的。