感冒头疼、眼睛胀痛多数是病毒感染引起。
由于病毒侵入常常导致上呼吸道感染，使鼻腔黏膜肿胀、充血、分泌物增多，出现鼻塞、流鼻涕、打喷嚏，及其他急性呼吸道的卡他性炎症的改变，这些炎症因子也可以引起眼结膜充血、肿胀，病毒毒素也可以通过血液刺激脑神经、脑血管、脑膜等，引起头疼、眼睛胀痛等症状。还有就是感冒病毒感染，可以导致发烧，使脑血管扩张，引起头疼症状。
因此，感冒出现头疼、眼睛胀痛，需要抗病毒、抗感冒药物治疗，如奥司他韦、阿昔洛韦、复方氨酚烷胺片等。