脑炎一般不会自愈。因为脑炎病毒或者是其他致病菌感染引起，如果不进行治疗，病毒或者致病菌难以消失，并且还会进一步加重，有可能会导致癫痫、瘫痪等严重的并发症，甚至会危及生命。因此，在确诊为脑炎疾病后，应尽早进行治疗。
如果是病毒感染所导致，主要是通过使用阿昔洛韦等抗病毒药物减轻症状，还可使用激素控制水肿以及炎症反应。如果是细菌感染所导致的脑炎，则需要给予静脉输注抗生素类的药物进行治疗。如果患者存在发热的症状，应当通过物理降温或者是药物降温，避免出现高热惊厥。