肺栓塞需要就诊血管外科或者是介入治疗科。
临床上肺栓塞往往是在其他科室，或者基层医院做出诊断以后难以治疗，而转往能够治疗的科室，包括血管外科以及介入科治疗。很少有直接在没有明确诊断之前就在血管外科或介入治疗科治疗的患者。
很多具有肺栓塞疾病危险因素的患者，在治疗其他疾病时候并发了肺栓塞，而出现了呼吸困难或胸痛等临床症状。而在行血液检查时发现一个明显的低氧血症，肺动脉造影显示肺栓塞，转入由手术治疗经验的科室，给予及时的手术治疗，风险大、受益大。