肛门脓肿破了以后多数并不会自愈，会由急性感染转变成慢性感染迁延而发展成为肛瘘，会表现为原肛门脓肿病变部位反复出现肿痛以及流脓的症状，并且无法自愈。在肛门周围会有肉芽肿性的外口，在直肠内会有内口，内口和外口之间有条索状的瘘管。
少部分肛门脓肿破了以后也有可能出现自愈，但概率相对偏低，主要是内口出现自愈或者肛门脓肿并非由于肛腺感染所导致，并不存在内口。
所以，如果肛门脓肿自行破了，而且局部症状明显缓解，局部红肿迅速消退，可以暂时不手术。注意做好局部的清洁与消毒，看后期是否会发展成为肛瘘，再决定是否手术治疗。