新生儿轻度小肠结肠炎时，在哺乳时采取少食多餐，尽可能使用母乳哺乳。
因为母乳中含有大量的糖蛋白和免疫保护因子，能够对新生儿致病菌的粘附和繁殖进行抑制，增加为肠道激素释放，对肠道屏蔽功能的成熟和益生菌的生长，起到一定促进作用，对肠粘膜进行保护，使胃肠道的防御功能提高，从而确保胃肠道功能和结构的完整性。
必要时，也可以在医生指导下，使用抗生素抗感染治疗。但是，万不可轻易给新生儿服用抗生素，以免产生肾毒性等严重后果。