新生儿小肠闭锁和坏死性小肠结肠炎，最主要的区别是：小肠闭锁的患儿没有胎粪排出，而坏死性小肠结肠炎的患儿有腹泻、血便的情况。
两个疾病都会有腹胀、呕吐的症状，但又不完全一样，主要区别在于：
第一，小肠闭锁的患儿一开始喂奶，就会有可能有反复的轻微呕吐，然后有可能逐渐加重、逐渐频繁，闭锁位置比较低，呕吐的量比较大，且呕吐物有臭味，呈现粪便样。坏死性小肠结肠炎的孩子，呕吐物含胆汁或者咖啡样，也有一部分患儿没有呕吐的症状。
第二，腹胀。小肠闭锁的患儿闭锁位置比较高，腹胀限于上腹部，并且有可能会看到胃蠕动波，呕吐以后腹胀会减轻，闭锁位置比较低，出生以后全腹部都会有明显腹胀，呕吐以后腹胀并不减轻，听诊肠鸣音亢进。坏死性小肠结肠炎的患儿，比较严重的孩子症状加重比较快，腹胀明显，听诊肠鸣音减弱，甚至有的会消失。