39岁没有月经，具体的处理首先需通过妊娠试验帮助排除是否有怀孕的可能。
在排除以后，建议进行抽血测卵巢性激素六项以及甲状腺功能的检测，以了解具体的卵巢功能情况以及其他的内分泌系统状况。如果发现是由于卵巢功能低下导致，对于39岁的女性来说，这属于卵巢早衰现象。建议在医生指导下给予系统、疗程的药物调理。
如果排除了内分泌失调后，建议行结核杆菌的检测，以了解是否存在生殖系统结核的情况，并给予相应的药物治疗。最后还可给予输卵管子宫造影、B超、宫腔镜等检查，以了解宫腔内膜情况并给予对因治疗。