虽然心脏磁共振不是常规诊断性心肌炎的方法，但是却可以辨别出心肌炎。
因为它能较好的反映心肌的组织病理学改变，如心肌的水肿、充血、纤维化、坏死等。先进的磁共振成像还能发现传统的磁共振成像表现正常的心肌中存在的弥漫性心肌损害，尤其对病毒性心肌炎诊断的特异性、敏感性较高。因为此时磁共振会显示心肌信号延迟增强、心肌片状强化，这对心肌炎的诊断有较大价值。
所以当病人症状不典型或与心肌病等其他心脏病鉴别困难，常规的心电图、心脏超声、心肌酶、X线无法提供更多信息时，就可以选择心肌磁共振检查来明确诊断。