癌胚抗原并不能用来检测原发脑肿瘤。因为大多数的原发性脑肿瘤，比如脑胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤等肿瘤，并不会出现癌胚抗原增高的现象。
当身体其他部位的一些癌症发生脑转移之后，就可以根据病情的需要，进行癌胚抗原的检测。比如非小细胞肺癌发生脑转移，尤其是肺腺癌发生脑转移之后，就可以出现癌胚抗原明显增高的现象。同样，乳腺癌、胰腺癌、胃癌、大肠癌的病人发生脑转移，也可以出现癌胚抗原明显增高的现象，需要引起重视。
当身体其他部位的癌症出现癌胚抗原的增高，就应该进行头、肺、肝等CT或者核磁共振检查，观察是不是有转移性病灶存在。