慢性阴囊湿疹主要通过药物来根治，药物治疗分为口服和外用药物两种。主要以口服止痒、抗过敏、消炎的药物，也可以外用抗菌止痒软膏局部外涂。
如果阴囊瘙痒比较严重，也可以配合糖皮质激素药物口服或者外用。
中医治疗慢性湿疹也有独特的疗法，根据证型选择药物外洗或者熏洗，来达到治愈的目的。治疗期间或者治愈后，要保持阴囊部位的卫生，避免阴囊潮湿和过度骚抓，饮食上禁食辛辣油腻刺激的食物，也可以起到预防的作用。