卵巢巧克力囊肿，是可以通过吃药来治疗的。但是要综合患者的情况，比如患者的生育要求、卵巢巧克力囊肿的大小等这些来进行综合的判断，是否需要药物治疗。如果巧克力囊肿不是很大，直径小于5cm，短期内没有生育的要求，可以用三种药物来治疗：
第一种，就是短效口服避孕药，口服避孕药的优点是比较便宜、方便，可以延缓巧克力囊肿的增大，缓解痛经症状。
第二种，就是地诺孕素，地诺孕素相对贵一点，但是副作用也会相对会大一点。
第三种，就是打针，打针费用也相对比较贵一点，大概1个月1000多块钱，主要是模拟的一个绝经的状态，但是它也有一定的副作用。可能会出现潮热、盗汗、乱发脾气，用久了可能会出现骨量丢失的现象。所以，一般用药时间，也不会太长，不能超过半年。