神经血管性的头痛主要根据头痛的类型，选择合适的药物进行治疗。
1.偏头痛发作。本病发作的时候会出现一侧头痛，主要的治疗如下，首先轻度的头痛可以继续观察，暂不用药。其次，如果头痛影响到了日常的生活，可以服用布洛芬、双氯芬酸钠等对症治疗的药物。严重的头痛可以服用佐米曲普坦等曲普坦类的药物。
2.紧张性头痛。本病发病的时候并没有特效的药物治疗，如果疼痛难以忍受或者影响到了睡眠，学习，主要是服用一些止痛的药物，例如布洛芬等。
3.丛集性头痛。本病发病的时候会出现眼眶上下剧烈疼痛，发病后应该使用曲普坦类的药物终止头痛发作。伴有烦躁易怒的，可以使用非苯二氮卓类的药物，例如地西泮等。