眼睑色素痣主要和眼睑恶性黑色素瘤、乳头状瘤、眼睑基底细胞癌等进行鉴别。眼睑恶性黑色素瘤，可由交界痣、复合痣发展而来，也可自行发生。早期呈扁平斑块样，边界欠规则，颜色不均匀，以后发展为结节状。当色素痣的颜色、大小、边界、质地、周围皮肤发生改变或出现疼痛、发痒等变化时，要考虑色素痣恶变的可能。乳头状瘤，好发于睑缘，圆形或椭圆形隆起肿物，颜色多与周围皮肤颜色相似，表面可有角化，生长缓慢。眼睑基底细胞癌，初期呈结节状，如结节富含色素可被误认为是痣，随病情发展结节变大，质地变硬，血管扩张，中央出现溃疡，呈火山口样，可反复出血结痂，向周围组织浸润。