植物神经功能紊乱的治疗，是以心理治疗为主，同时辅助药物治疗和物理治疗。
所谓的心理治疗，主要是指的患者精神压力大，可以向专业的心理医生求助，通过心理医生的心理疏导缓解心理压力。基础的调节神经紊乱的药物，包括谷维素、维生素B1。如果患者合并有各种类型的心律失常，可以同时服用普萘洛尔。如果患者合并有消化不良、食欲减退，可以同时服用多酶片。
对于焦虑、抑郁引起的神经紊乱，可以适当服用镇静安眠的药物，比如艾司唑仑、阿普唑仑等。