激光近视手术的后遗症很少，几乎是没有什么后遗症，术后可能会有一些不适症状，但大多可以随着角膜修复而逐渐恢复，最常见的症状是干眼症，这是由于在手术过程中切削角膜的同时，也损害了角膜神经，因而患者经常有眼睛干涩的症状。
部分患者术后可出现眩光的症状，这种情况多是由于角膜水肿未完全消退导致，这也是可以随着角膜水肿消退而逐渐消失的。
目前全飞秒近视激光手术，对眼睛角膜的损伤更小，术后角膜反应轻，上述症状出现的几率也更小，因此相对更安全。