两者主要的区别包括以下几方面：
1.从定义上来看，釉质发育不全是指牙发育期间，由于全身疾患、营养障碍或严重的乳牙根尖周感染，导致釉质结构异常，氟牙症又称氟斑牙或斑釉，具有地区性分布特点。
2.从临床表现上来看，釉质发育不全、白垩色斑的边界比较清楚，而且其纹线与釉质的生长发育线相平行吻合，氟牙症为长期性的损害，白垩色斑块呈云雾状，边界不清楚，并与生长发育线不相吻合。
3.累及牙位和数量，釉质发育不全，可发生在单个牙或一组牙，而氟牙症发生在多个牙由以上前牙多见。
4.氟牙症是慢性氟中毒早期最常见且突出的症状，具有高氟区的生活史。