小便时疼痛，应根据引起小便时疼痛的病因，对症合理应用相关治疗药物。
如果为泌尿系统感染所引起，主要是应用八正胶囊、热淋清颗粒或银花泌炎灵等中成药物进行调理，有利于起到利尿通淋、清热解毒的作用，缓解小便时疼痛。
如果为细菌感染所引起，还需要配合应用抗生素予以治疗，常用药物主要有左氧氟沙星、盐酸米诺环素等。
如果为泌尿系统结石所引起，针对较小的结石，可应用排石颗粒、复方金钱草颗粒等排石药物，促进结石排出。
如果是比较大的结石，药物治疗无法排出体外时，则需要进行体外冲击波碎石，或手术取石等方式进行治疗。