直肠内套叠的治疗方法分为非手术治疗和手术治疗。其中非手术治疗一般适用于套叠症状并不严重的患者，患者需要通过改善饮食，平时多吃一些纤维素含量丰富的食物，比如新鲜的蔬菜、水果、谷类、粗粮等。还应多饮水，每天的饮水量要达到2000毫升以上。平时刻意养成良好的排便习惯，必要时可以口服软化大便的药物辅助排便，防止便秘发生。
如果比较严重的直肠内套叠，经用药保守治疗无效的，需要考虑行手术治疗。直肠内套叠的手术方式有很多，患者需要结合自身的症状、严重程度，选用适合自己的手术方式。