肛门两侧长小疙瘩有以下几种可能性：
首先，可能是肛门两侧的皮肤出现了多发性的毛囊炎，是由于皮脂腺分泌不畅所引发的，和久坐造成局部不透气有关，局部会伴有红肿疼痛的症状。
其次，可能是肛周湿疹，属于肛门周围变态反应性皮肤病，会表现为肛门两侧皮肤的小丘疹或者水疱，并且会伴有瘙痒症状。
再次，可能是肛周尖锐湿疣，是由于肛周HPV病毒感染所引发的，会表现为两侧肛门皮肤多发的菜花样赘生物。具体患者需要去医院明确诊断后，再采取相应的治疗。