脊髓脊膜膨出的并发症重在预防，可以通过早期诊断和早期手术来有效的控制并发症的发生。
并发症主要有两大类，一类是脊髓脊膜膨出的囊壁破裂，引起细菌入侵从而导致脑膜炎，如果并发症已经发生了，要积极控制炎症，并加强支持治疗，同时在炎症控制之后，要尽快处理局部的病变，来防止反复感染，在治疗感染的时一般都要用到抗生素的治疗，抗生素的治疗原则是足量、规律和足疗程治疗。
另一种是神经功能障碍的并发症，可以通过手术来控制神经损害的发生并且避免进行性的加重。如果一旦出现，需要严密的观察，可以使用甲钴胺类营养神经的药物进行治疗。