药物可以治疗情况不严重的先天性心脏病，药物治疗先天性心脏病有抗凝药，比如有双香豆素、硝酸香豆素等；还有利尿剂比如有双氢克尿噻、氢氯塞嗪等以及扩张血管的药，比如有复方丹参片、血塞通等。
对于目前尚无根治方法的复杂先心病，可以使用肺动脉下心室旷置术等姑息手术。对于终末性心脏病，无法用目前的手术方法治疗的复杂先心病可以考虑心脏移植。
对于缺损直径小，对血流动力学无明显影响的先天性心脏病，可不需要特殊治疗。