先天性心脏病是可以药物治疗，但先天性心脏病的药物治疗主要是针对先天性心脏病引起的并发症治疗，药物治疗对于先天性心脏病的解剖改变是没有效果。比如房间隔缺损现象，药物无法修复这种缺损改变。这种解剖的改变，需要通过外科或者微创的介入手术治疗才能获得治愈。
目前，先天性心脏病药物治疗主要是治疗先心病引起的心力衰竭或者心律失常现象。常用的心力衰竭治疗药物主要是利尿药物，比如呋塞米或者螺内酯，此外常常配合强心药物治疗，比如地高辛。如果合并心律失常，需要及时的服用药物纠正心律失常治疗，比如盐酸胺碘酮。