自然流产和药物流产哪种对母体影响比较大，需要根据患者的具体情况来进行分析。
药物流产通常适用于怀孕49天以内，如果怀孕天数已经超过49天，使用药物流产有可能会导致流产不净需要清宫。自然流产则有可能发生在怀孕28周前的任何月份，如果自然流产发生在怀孕49天之内，与药物流产对母体的伤害是相同的，如果自然流产发生在49天之后，月份越大对母体的伤害则越大，所以两者对母体的伤害需要根据怀孕的具体时间来进行比较。
除此之外流产是否干净以及是否需要进行清宫手术等一些因素，也是是否会对母体造成更大伤害的主要因素，如果流产比较干净，对母体伤害会比较小，如果流产不全则会引发更大的伤害。