自然流产如果可以流干净，相对于人工流产危害更小一点。如果自然流产流不干净，需要清宫手术进行补救，和人工流产的危害差不多大。
自然流产如果孕囊排出完整，阴道出血在1周之内停止，多数是完全流产的表现，一般不需要清宫，对身体的危害小一些。如果排出的孕囊不完整，或者阴道出血量大、出血时间长，有可能是不全流产，需要清宫治疗。清宫手术和人流手术对身体的危害差不多大。
宫腔操作有可能引起逆行感染，导致宫腔或者盆腔炎症，有可能导致宫外孕或者不孕。另外，清宫和人流都会对子宫内膜造成损伤，严重时也会导致不孕。