沙眼需要与滤泡性结膜炎以及春季卡他性结膜炎进行鉴别，三者都可以引起眼睑结膜滤泡增生，形成沙砾一样的外观。
但沙眼具有传染性，并且眼部刺激症状较重、病程较长、长达数月，慢性期可以形成特征性的睑结膜瘢痕引起眼睑变形。滤泡性结膜炎患者表现为眼部异物感，眼部刺激症状，查体可见睑结膜滤泡。
春季卡他性结膜炎患者主要表现为眼痒，眼睑结膜可有铺路石样外观。春季卡他性结膜炎有明显的季节性发病，并且可反复发作。