有些肺真菌病可以采取手术治疗，如曲霉感染，单一的曲霉球反复出现感染、咯血的情况，可以进行手术切除曲霉，术后还应该服用伏立康唑等药物抗曲霉治疗。
如果是多发的曲霉感染，就没有手术指征，要长期服用抗曲霉的药物，疗程至少3个月以上。出现发烧、咳嗽、咳痰的情况，要积极的抗炎、抗感染治疗。
加强锻炼身体，多晒太阳；不抽烟，不喝酒；加强营养，进食一些富含蛋白质的食物，如牛奶、牛肉、羊肉，提高身体的抵抗能力，使肺真菌病得到控制。